Wereng batang coklat adalah hama utama padi yang belum dapat diatasi hingga kini dan tidak dapat dikendalikan dengan insektisida kimia bahkan dapat menimbulkan dampak negatif. Oleh karenanya, diperlukan pengendalian ramah lingkungan dan aman. Penelitian bertujuan untuk menentukan pengaruh aplikasi metabolit sekunder jamur entomopatogen terhadap wereng batang coklat pada padi varietas Ciliwung in planta. Penelitian dilaksanakan di screen house dan Laboratorium Perlindungan Tanaman, Fakultas Pertanian, Universitas Jenderal Soedirman, Purwokerto selama 5 bulan. Rancangan Acak Kelompok non-faktorial dengan 6 perlakuan dan 4 ulangan digunakan, dengan perlakuan adalah kontrol, metabolit sekunder Beauveria bassiana B10, Beauveria bassiana B16, Metarhizium anisopliae, Lecanicillium lecani, dan insektisida bahan aktif imidakloprid. Variabel yang diamati adalah mortalitas, waktu kematian, intensitas serangan, dan tinggi tanaman padi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aplikasi metabolit sekunder B. bassiana B16 paling efektif mengendalikan N. lugens, yang ditunjukkan oleh kematian wereng batang coklat paling cepat yaitu 6,57 hari setelah aplikasi, dengan mortalitas 52%, dan mampu menekan intensitas serangan N. lugens paling rendah yaitu 6,48%. Metabolit sekunder jamur entomopatogen tidak berpengaruh terhadap tinggi tanaman.