Desain Primer Gen SMT 1 Terhadap Pertambahan Tinggi Batang Melambat pada Tanaman Kelapa Sawit (Elaeis gueneensis Jacq.) Berdasarkan Situs SNP

Abstract

Karakter pertambahan tinggi batang melambat merupakan salah satu tujuan dari pemuliaan tanaman kelapa sawit untuk optimalisasi umur ekonomis tanaman, mengurangi siklus replanting, dan mempermudah proses panen. Gen SMT 1 merupakan gen kunci didalam biosintesis hormon brasinosteroid yang berperan dalam pertumbuhan dan pertambahan batang tanaman. Teknik yang digunakan untuk mengidentifikasi gen yang memiliki karakter unggul tersebut adalah PCR (Polymerase Chain Reaction). Dalam proses PCR, desain primer merupakan hal yang sangat penting karena primer tersebut akan menentukan keberhasilan dalam proses amplifikasi PCR. Tujuan dari penelitian ini untuk mendapatkan kandidat primer yang akan digunakan dalam analisis keragaman genetik terkait pertambahan tinggi batang berdasarkan situs SNP. Data sekuen DNA kelapa sawit diperoleh pada laman NCBI. Pensejajaran sekuen DNA dilakukan pada sofware geneious prime untuk mengidentifikasi situs SNP. Desain primer dilakukan pada perangkat lunak WebSNAPER. Hasil penelitian menghasilkan dua kandidat pasang primer yang akan digunakan untuk melakukan analisis keragaman genetik terkait gen pengendali pertambahan tinggi batang melambat. Masing- masing primer terdiri dari primer reference dan alternate dan memiliki ukuran amplikon yang berbeda pada setiap pasang primer.

The character of growth inhibitor stem is one of the goals of oil palm plant breeding to increase the economic life of the plant, reduce the replanting cycle and simplify the harvesting process. The SMT 1 gene is a key gene in the brasinosteroid hormone which plays a role in the growth and addition of plant stems. The technique used to identify genes with superior characters is PCR (Polymerase Chain Reaction). In the PCR process, the design of the primer is very important because the primer will determine the success of the PCR amplification process. The aim of this study was to obtain primer to be used in the analysis of genetic diversity related to stem height gain. Oil palm DNA sequence data were obtained in terms of NCBI. DNA sequence alignment was performed on geneious prime software to obtain SNP sites. Primer design was performed on WebSNAPER software. The results of the study obtained two candidate pairs of primers to be used for the analysis of genetic diversity related to the increase in the height of the stems of the stem. Each primer consists of reference and alternate primers and has a different amplicon size for each pair of primers.